閃電俠貝瑞·艾倫一傍晚到他母親的墓拜訪時，感嘆自己的無能，無法阻止少年時期母親被暗殺的悲劇，後來貝瑞告別了妻子艾莉絲，因為有人疑似闖進了閃電俠博物館。貝瑞趕到了現場時遇見了正在破壞博物館的冷凍隊長、熱浪、鏡子大師和尖峰人，他們全是閃電俠以前的敵人，且全被逆閃電安裝上炸彈，原來這全是逆閃電破壞都市的計劃的一部分。後來在正義聯盟的幫助下成功讓炸彈解除，逆閃電等人也被警方逮捕，但逆閃電卻嘲笑貝瑞的母親去世。

第二天，貝瑞醒來時，發現自己的母親竟還活著且自己的超能力消失了，妻子艾莉絲變成別人的，沒有正義聯盟。當時以水行俠為首的亞特蘭蒂斯部隊已淹沒了歐洲，神力女超人則帶領亞馬遜人征服英國。因為神力女超人殺死了水行俠的妻子梅拉，使得雙方展開廝殺，鋼骨為了停止戰爭而找蝙蝠俠加入他的團隊，但遭拒絕。

貝瑞拜訪了韋恩莊園，但襲擊他的蝙蝠俠不是布魯斯，而是布魯斯的父親湯瑪士。貝瑞試圖用變身戒指向湯瑪士解釋，但從他的戒指跑出來的卻是逆閃電的衣服，這似乎也是逆閃電的陰謀。在湯瑪士信任貝瑞之後，幫助他恢復超能力，但貝瑞卻因此嚴重灼傷。

在倫敦，史蒂夫·崔佛（原世界中是神力女超人的男友）企圖將露易絲·蓮恩帶出，但被神力女超人殺害。同一時間史萊德和雷克斯正追蹤亞特蘭蒂斯的毀滅性武器，但在和對方激戰後仍不幸戰敗。飛行員哈爾則駕駛外星飛船對亞特蘭蒂斯作自殺攻擊，但遭防衛系統阻止而失敗身亡，其後美國政府決定直接派軍隊開戰，整個美國海軍被派往新天堂島，結果遭到全殲。在蝙蝠洞，貝瑞醒來後發現自己的記憶被改變，貝瑞堅持蝙蝠俠讓自己再次嘗試，後來終於成功恢復力量。不過貝瑞是因為逆閃電的速度力量而無法穿越時空，後開始尋找戰力，和鋼骨一同救出了被政府囚禁的超人，接著和驚奇隊長的五人一同學習喬丹的犧牲，準備說服大家停止戰爭。

在蝙蝠俠的飛機上，收到了一個影象，圖中出現逆閃電救了露易絲，後來飛機被水行俠的軍隊擊落，貝瑞、湯瑪士、鋼骨和驚奇隊長對抗水行俠，但使得湯瑪士受傷。逆閃電出現後透露這一切都是貝瑞要去救自己的母親而造成的。神力女超人解決掉驚奇隊長後，隨後與被超人弄斷手的水行俠交手，水行俠死前引爆了炸彈。在閃點事件中，原子上校為政府工作，後來被海王俘虜。影片最後，海王將其作為中子彈引爆了。爆炸的規模逐漸擴散，看到這光景逆閃電仍嘲笑著被他打敗的貝瑞，直到被湯瑪士槍殺。瀕死的蝙蝠俠給了貝瑞一封信。之後貝瑞快速地穿越時空阻止了當時想救母親的自己，並向母親說聲抱歉。

貝瑞再次從他的辦公桌醒來，發現一切都恢復正常。他和妻子去墓園給了母親花後穿著新的閃電俠衣服到蝙蝠洞將湯瑪士的信交給了布魯斯，布魯斯看到信中的內容便含淚地說他是最好的送信使，貝瑞安心地離去。

片尾，在離地球較近的宇宙的空間開了一個洞，並跑出大量的天啟魔（Parademons）。此彩蛋為暗示正義聯盟：開戰